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Es necesario diferenciar, en primer lugar, entre lo que es el sistema de paquetes y el formato de paquetes, para no dar lugar a confusión. El sistema de paquetes es el conjunto de reglas propias de una distribución que indican dónde se localizan los programas, cómo se instalan demonios en el sistema, qué ficheros de configuración genéricos hay accesibles por los programas, así como las distintas interacciones entre los paquetes, indicando, por ejemplo, si dos programas tienen incompatibilidades y no pueden coexistir en el mismo sistema (conflictos) o si antes de instalar un programa es necesario tener otro instalado (dependencias).
El formato de los paquetes, por ejemplo los ficheros .deb en el caso de Debian o .rpm en el caso de RedHat, se suele identificar con el sistema de paquetes. Pero, si bien el sistema condiciona cómo deberán crearse y distribuirse los paquetes (qué reglas han de seguir para instalarse), es posible instalar paquetes de otras distribuciones en nuestro sistema, e incluso podemos encontrar herramientas para hacerlo. Por ejemplo, alien es un programa (disponible como paquete en Debian) que, una vez instalado, permite introducir paquetes que no pertenecen a la distribución de Debian (por ejemplo, rpms) ya que "conoce" los distintos formatos y es capaz de "traducirlos" a nuestra distribución. El formato, aunque relacionado con el sistema, no es mucho más que eso. Las diferencias entre un .deb y un .rpm son en esencia similares a las que existen entre un .zip y un .arj.
Sin embargo, existe un riesgo cuando se mezclan paquetes de distintas distribuciones, y es que su política, esto es, el sistema de paquetes, será distinta. Para poner un ejemplo: Debian y RedHat siguen una política distinta en cuanto a la localización de los programas que ejecutan los demonios en el arranque, aunque ambos siguen el modelo de System V (Slackware sigue el modelo de BSD, colocándolos en otro sitio), RedHat coloca los demonios en el directorio /etc/rc.d/init.d y con los enlaces en /etc/rc.d/rcX.d, mientras que Debian lo hace en el /etc/init.d con los enlaces en /etc/rcX.d; y ésta no es la única diferencia. Es evidente que si instalamos un paquete de una distribución, que proporcione demonios que han de ejecutarse en el arranque en otra, posiblemente no funcionará.
Se lleva un tiempo debatiendo sobre una posible estandarización de los sistemas de paquetes, que quizás se consiga como ya se consiguió homogeneizar la estructura de directorios a través del Linux Filesystem Structure (FSSTND) con lo que es posible que en un futuro habrá mayor compatibilidad entre las distribuciones.