Un conflicto ocurre cuando dos o más paquetes no pueden coexistir en el mismo sistema. Un buen ejemplo de paquetes que entran en conflicto es los agentes de transferencia de correo (mail transfer agents, MTAs). Un MTA es un programa que se encarga de enviar correo a usuarios en el sistema y a otras máquinas en la red. Debian GNU/Linux tiene dos agentes de transferencia de correo: sendmail y smail.
Solo puede haber instalado un agente de transferencia de correo a la vez. Los dos hacen el mismo trabajo y no están diseñados para coexistir. Por lo tanto, los paquetes sendmail y smail entran en conflicto. Si intenta instalar sendmail cuando smail ya está instalado el sistema de mantenimiento de paquetes de Debian GNU/Linux rehusará dicha instalación. En el caso contrario, si intenta instalar smail cuando sendmail ya está instalado, dselect (o dpkg; vease más adelante) rehusará la instalación.
Una dependencia ocurre cuando un paquete requiere otro para funcionar correctamente. Siguiendo con el ejemplo del correo electrónico, los usuarios leen el correo con unos programas llamados agentes de correo de usuario (mail user agents, MUAs). Los MUAs más populares son elm, pine, y emacs con el modo RMAIL. Es normal instalar varios MUAs ya que estos no entran en conflicto entre sí, pero los MUAs no envian correo--este es el trabajo de los MTA. Por lo que todos los paquetes de agentes de correo de usuario dependen de un agente de transferencia de correo.
Un paquete también puede recomendar o sugerir otro paquete relacionado con él.