Uno de los mayores problemas que Samba tiene que superar es la diferencia entre sistemas de ficheros Unix y no-Unix. Esto incluye cosas como manejar enlaces simbólicos, archivos ocultos, y ficheros de configuración (ficheros con 'punto'). Además, los permisos de ficheros también pueden convertirse en un dolor de cabeza si no han sido tenidos en cuenta. Eta sección describe cómo usar Samba para controlar algunas de estas diferencias, e incluso cómo agregar algunas nuevas funcionalidades.