### R code from vignette source 'ThCointOverview.Rnw'

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### code chunk number 1: ThCointOverview.Rnw:39-41
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require(tsDyn)
options(prompt=" ", encoding="LATIN-9")


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### code chunk number 2: lib
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library(tsDyn)


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### code chunk number 3: grid1
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library(tsDyn)
data(lynx)
grid<-selectSETAR(lynx, m=1, thDelay=0, trim=0.15, criterion="SSR") 
print(grid)


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### code chunk number 4: plotgrid1
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plot(grid)


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### code chunk number 5: ThCointOverview.Rnw:558-560
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set<-setar(lynx, m=1, thDelay=0, th=grid$th)
summary(set)


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### code chunk number 6: grid2
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selectSETAR(lynx, m=1, thDelay=0, trim=0.15, criterion="SSR", nthresh=2) 


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### code chunk number 7: grid1
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selectSETAR(lynx, m=6, thDelay=0, trim=0.15, criterion="AIC", same.lags=TRUE)


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### code chunk number 8: ThCointOverview.Rnw:818-820 (eval = FALSE)
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## data(zeroyld)
## tvecm<-TVECM(zeroyld, nthresh=2,lag=1, ngridBeta=60, ngridTh=30, plot=TRUE,trim=0.05, beta=list(int=c(0.7, 1.1))) 


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### code chunk number 9: ThCointOverview.Rnw:978-980
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data(IIPUs)
set<-setar(IIPUs, m=16, thDelay=5, th=0.23)


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### code chunk number 10: ThCointOverview.Rnw:1005-1006 (eval = FALSE)
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## Hansen.Test<-setarTest(lynx, m=1, nboot=1000)


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### code chunk number 11: ThCointOverview.Rnw:1058-1063
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sun<-(sqrt(sunspot.year+1)-1)*2 
lin<-linear(sun, m=11)
set1<-setar(sun, m=11, th=7.4, thDelay=1, nested=TRUE)
set2<-setar(sun, m=11, th=c(5.3,8),nthresh=2, thDelay=1, nested=TRUE)
matrix(c(AIC(lin),AIC(set1),AIC(set2),BIC(lin),BIC(set1),BIC(set2)),ncol=2,dimnames=list(c("lin","set1", "set2"),c("AIC", "BIC")))


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### code chunk number 12: ThCointOverview.Rnw:1319-1323 (eval = FALSE)
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## data(zeroyld)
## dat<-zeroyld
## testSeo<-TVECM.SeoTest(dat, lag=1, beta=1, nboot=1000)
## summary(testSeo)


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### code chunk number 13: ThCointOverview.Rnw:1458-1463 (eval = FALSE)
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## system.time(test1<-TVECM.HStest(dat, lag=1, nboot=200))
## 
## library(doMC)
## registerDoMC(2) #Number of cores
## system.time(test1<-TVECM.HStest(dat, lag=1, nboot=200, hpc="foreach"))