### R code from vignette source 'spray.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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ignore <- require(spray)
options(prompt = "R> ", continue = "+  ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE)


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### code chunk number 2: array_a
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a <- array(1, dim=2:5)


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### code chunk number 3: define_S
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library("spray")
M <- matrix(c(0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 3), ncol=3)
M
S1 <- spray(M, 1:4)
S1


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### code chunk number 4: use_set_and_extractor_methods
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S1[diag(3)] <- -3
S1


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### code chunk number 5: define_S1
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M2 <- matrix(c(
    6, -7,  8,
    0,  0,  2,
    1,  1,  3), byrow=TRUE, ncol=3)
S2 <- spray(M2, c(17, 11 ,-4))
S2
S1 <- S1 + S2
S1


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### code chunk number 6: polynom_example
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library("polynom")
A <- polynomial(c(1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 6))
dput(A)
A


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### code chunk number 7: show_S1_again
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S3 <- spray(matrix(c(0,0,0, 0,0,1, 1,1,1, 3,0,0), byrow=TRUE, ncol=3), 1:4)
S3


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### code chunk number 8: show_a_multivariate_polynomial
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options(polyform = TRUE)
S1


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### code chunk number 9: exhibit.multiplication
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S1 + S2
S1 * S2
S1^2


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### code chunk number 10: symbolic
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x <- lone(1, 3)
y <- lone(2, 3)
z <- lone(3, 3)
options(polyform = FALSE)
list(x, y, z)
options(polyform = TRUE)
(1 + x + y)^3
(x + y) * (y + z) * (x + z) - (x + y + z) * (x*y + x*z + y*z)
(x + y) * (x - y) - (x^2 - y^2)


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### code chunk number 11: exhibit.function.coercion
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(S4 <- spray(cbind(1:3, 3:1), 1:3))
f <- as.function(S4)
f(c(1, 2))


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### code chunk number 12: homog_show
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(S5 <- homog(3, 3))


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### code chunk number 13: subsy5
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subs(S5, 2, 5)


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### code chunk number 14: spray.Rnw:347-348
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aderiv((xyz(3) + linear(1:3))^3, 1:3)


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### code chunk number 15: spray.Rnw:357-360
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set.seed(0)
(A <- rspray())
coeffs(A)


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### code chunk number 16: spray.Rnw:369-371
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coeffs(A) <- coeffs(A) %% 3
A


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### code chunk number 17: spray.Rnw:415-417
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d <- 2
kernel <- spray(rbind(0, diag(d), -diag(d)))/(1 + 2*d)


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### code chunk number 18: spray.Rnw:423-424
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initial <- spray(rep(10, d))


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### code chunk number 19: spray.Rnw:430-431
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t14 <- initial * kernel^14


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### code chunk number 20: spray.Rnw:437-440
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traps <- matrix(c(2, 3, 3, 5), 2, 2)
n <- 17


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### code chunk number 21: spray.Rnw:445-451
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timestep <- function(state, kernel, traps){
  state <- state * kernel
  state <- spray(index(state)%%n, coeffs(state), addrepeats = TRUE)
  state[traps] <- 0
  return(state)
}


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### code chunk number 22: spray.Rnw:460-463
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state <- initial
for(i in 1:100){state <- timestep(state, kernel, traps)}
sum(coeffs(state))


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### code chunk number 23: knight_generating_function
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chess_knight <- 
  spray(matrix(
      c(1, 2, 1, -2, -1, 2, -1, -2, 2, 1, 2, -1, -2, 1, -2, -1),
      byrow = TRUE,ncol = 2))
options(polyform = FALSE)
chess_knight
options(polyform = TRUE)
chess_knight


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### code chunk number 24: knight_six_moves
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constant(chess_knight^6, drop = TRUE)


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### code chunk number 25: define.d.dimensional.knight
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knight <- function(d){
  n <- d * (d - 1)
  out <- matrix(0, n, d)
  jj <- cbind(rep(seq_len(n), each=2), c(t(which(diag(d)==0, arr.ind=TRUE))))
  out[jj] <- seq_len(2)
  spray(rbind(out, -out, `[<-`(out, out==1, -1),`[<-`(out, out==2, -2)))
}


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### code chunk number 26: dnightmoves
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constant(knight(4)^6, drop = TRUE)


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### code chunk number 27: dnightmoves_can_wait
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constant((1 + knight(4))^6, drop=TRUE)


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### code chunk number 28: spray.Rnw:600-604
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a <- diag(26)
options(sprayvars = letters)
a[1 + cbind(0:25, 1:26) %% 26] <- 2
spray(a)