### R code from vignette source 'glrnb.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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library("surveillance")
options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(4,4,2,0)+.5)))
options(width=70)
set.seed(247)

## create directory for plots
dir.create("plots", showWarnings=FALSE)


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### code chunk number 2: glrnb.Rnw:92-94
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
data(shadar)
plot(shadar,main="Number of salmonella hadar cases in Germany 2001-2006")


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### code chunk number 3: glrnb.Rnw:101-103
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# Simulate data
simData <- sim.pointSource(length=300,K=0.5,r=0.6,p=0.95)


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### code chunk number 4: glrnb.Rnw:106-107
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot(simData)


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### code chunk number 5: glrnb.Rnw:140-142
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
survObj <- algo.glrnb(shadar,control=list(range=105:295,alpha=0))
plot(survObj, col=c(8,NA,4))


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### code chunk number 6: glrnb.Rnw:161-164 (eval = FALSE)
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## control=list(range=range,c.ARL=5,
##   mu0=NULL, alpha=0, Mtilde=1, M=-1, change="intercept",theta=NULL,
##   dir=c("inc","dec"),ret=c("cases","value"))


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### code chunk number 7: glrnb.Rnw:173-175 (eval = FALSE)
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## control=list(range=105:length(shadar$observed))
## algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 8: glrnb.Rnw:181-183 (eval = FALSE)
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## control=list(range=105:295,alpha=3)
## algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 9: glrnb.Rnw:191-194
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control=list(range=105:295,alpha=NULL)
surv <- algo.glrnb(shadar,control=control)
surv$control$alpha


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### code chunk number 10: glrnb.Rnw:205-207 (eval = FALSE)
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## control=list(range=105:295,mu0=list(S=2,trend=FALSE))
## algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 11: glrnb.Rnw:210-212
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control=list(range=105:295,mu0=list(S=2,trend=F,refit=T))
surv <- algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 12: glrnb.Rnw:217-219
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot(shadar)
with(surv$control,lines(mu0~range,lty=2,lwd=4,col=4))


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### code chunk number 13: glrnb.Rnw:225-226 (eval = FALSE)
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## surv$control$mu0Model


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### code chunk number 14: glrnb.Rnw:233-234
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estimateGLRNbHook


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### code chunk number 15: glrnb.Rnw:274-275
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coef(surv$control$mu0Model$fitted[[1]])


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### code chunk number 16: glrnb.Rnw:283-286
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control=list(range=105:295,alpha=0)
surv <- algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)
table(surv$alarm)


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### code chunk number 17: glrnb.Rnw:291-295
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num <- rep(NA)
for (i in 1:6){
num[i] <- table(algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=c(control,c.ARL=i))$alarm)[2]
}


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### code chunk number 18: glrnb.Rnw:311-319
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
control=list(range=209:295,c.ARL=5.1,mu0=list(S=1,trend=TRUE),
             alpha=NULL,M=52,change="epi")
surv <- algo.glrnb(shadar, control)
plot(surv,col=c(NA,8,4),lty=c(1,0,1),lwd=c(1,1,3),legend.opts=NULL)
lines(surv$control$mu0,lty=2,lwd=2,col=2)
abline(h=surv$control$c.ARL,lty=2,col=3)
legend(1,20,expression(GLR(n),mu[0],c[gamma]),
       col=c(4,2,3),lty=c(1,2,2),lwd=c(3,2,1))


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### code chunk number 19: glrnb.Rnw:325-327 (eval = FALSE)
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## control=list(range=105:295,theta=0.4)
## algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 20: glrnb.Rnw:332-334 (eval = FALSE)
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## control=list(range=105:295,theta=NULL)
## algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 21: glrnb.Rnw:342-344
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control=list(range=105:295,ret="cases",alpha=0)
surv2 <- algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 22: glrnb.Rnw:347-348
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot(surv2, col=c(8,NA,4))


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### code chunk number 23: glrnb.Rnw:358-360
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control=list(range=105:295,ret="cases",dir="dec",alpha=0)
surv3 <- algo.glrnb(disProgObj=shadar,control=control)


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### code chunk number 24: glrnb.Rnw:363-364
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot(surv3, col=c(8,NA,4))