El gestor de ventanas es la parte del software que controla las ventanas en el 'Entorno de ventanas X'. La posición, bordes, y estilo de cualquier ventana la maneja el gestor de ventanas. Esto es muy distinto en muchos otros sistemas operativos, y la forma en que GNOME dialoga con los gestores de ventanas es diferente de la de otros entornos de escritorio.
Como se indicó anteriormente en esta guía, GNOME no depende de ningún gestor de ventanas. Esto significa que la mayor parte de su entorno de escritorio no cambiará si decide cambiar de gestor de ventanas. GNOME trabaja con el gestor de ventanas para proporcionarle el entorno de trabajo más amigable posible. GNOME no se preocupa de la colocación de las ventanas, sino que obtiene información sobre su posición del gestor de ventanas. El paginador («Pager») sólo funcionará con gestores de ventanas compatibles con GNOME, al igual que arrastrar y soltar en el escritorio.
Al cierre de esta edición de la 'Guía de usuario GNOME', el gestor de ventanas 'Enlightenment' era el único gestor de ventanas 100% compatible con GNOME. Hay muchos otros gestores de ventanas parcialmente compatibles o en los que se está trabajando para que lleguen a serlo.
Algunos de los gestores de ventanas parcial o totalmente compatibles en el momento de redactar esta versión de la 'Guía de usuario GNOME' eran:
Enlightenment - http://www.enlightenment.org
Sawmill - http://www.dcs.warwick.ac.uk/~john/sw/sawmill/index.html
Window Maker - http://www.windowmaker.org
AfterStep - http://www.afterstep.org/
FVWM - http://www.fvwm.org/
Existen muchos nuevos gestores de ventanas en desarrollo que funcionarán con GNOME. Encontrara algunos de estos gestores en Índice de software GNOME .