¿Dónde se esconde configure?

Has obtenido el código del CVS, ¿verdad? Lee la sección Convirtiéndose en un GNOMEr que se encuentra un poco más abajo. Si conseguiste un tarball, configure debería estar en el directorio superior del fuente. Si no está ahí, eso es un bug. Mira la pregunta ¿Cómo informo de un bug? .