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title: "Yupana"
description: 'Yupana: experimental design analysis'
author: "Flavio Lozano-Isla"
output:
  bookdown::html_document2:
    base_format: rmarkdown::html_vignette
    toc: true
    number_sections: false
pkgdown:
  as_is: true
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Yupana}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

```{r setup, include=FALSE}
source("https://raw.githubusercontent.com/Flavjack/inti/master/pkgdown/favicon/docs.r")
```

Yupana es una heramienta interactiva que permite el análisis y gráfica de datos basados en diseños experimentales (Table \@ref(tab:modules)). 

Yupana permite:

- Análisis de datos con distintos modelos estadisticos
- Diagnostico de los modelos
- Análisis de comparación de medias de los tratamientos
- Información resumen de la comparación de los tratamientos
- Gráfica de los resultados
- Análisis multivariados

```{=html}
<div id=footer style="width:100%; margin:auto;">

<div style="display:inline-block; width:49%">
<p style="text-align:center">
<a target="_blank" href="https://www.youtube.com/playlist?list=PLSQMdOu57lj9sTx5Dbff9O0g6KCU4pwCQ">
<img src="https://flavjack.github.io/inti/img/youtube.png" style="height:65px" title="demo"></a>
<span style="display:block;"><small>demo</small></span>
</p></div>

<div style="display:inline-block; width:49%">
<p style="text-align:center">
<a target="_blank" href="https://flavjack.shinyapps.io/yupana/"><img src="https://flavjack.github.io/inti/img/yupana.png" style="height:80px" title="yupana"></a>
<span style="display:block;"><small>Yupana</small></span>
</p></div>

</div>
```

# Base de datos

Los datos deben estar organizado en formato `tidy-data`. 

Tener en cuenta algunas consideraciones:

- No usar caracteres extraños en la cabeceras, e.i.: %, #, &, $, °, !, ^, etc
- Los datos deben iniciar en la primera fila y columna, e.i. A1
- Evitar usar espacio entre los nombres de las variables, en reemplazo pueden usar "_" o "."

> Las columnas que esten entre corchetes "[]" serán excluidas del análisis

# Módulos

```{r modules}
url <- "https://docs.google.com/spreadsheets/d/1nLP-dH9-dsVMXgsU7Z02EbgWvMIBKG5IYVRHAJCN-Z0/edit#gid=0"
url %>% 
  gsheet2tbl() %>% 
  include_table(caption = "Módulos de la aplicación Yupana")
```

# Graphics

Los parámetros de los gráficos generados en la app pueden ser guardadas en hojas de cálculo de google y luego pueden ser cargadas (Table \@ref(tab:param)).  

## Opciones de gráfico

```{r param}
url <- "https://docs.google.com/spreadsheets/d/1nLP-dH9-dsVMXgsU7Z02EbgWvMIBKG5IYVRHAJCN-Z0/edit#gid=1216293392"
url %>% 
  gsheet2tbl() %>% 
  include_table(    
    caption = "Lista de argumentos, descripción y opciones para la generación de gráficos en la aplicación Yupana"
    , notes = "Opciones basadas en la función: `plot_smr()`"
    , label = "Nota:"
    )
```

### Argumentos y valores

```{r tparam, fig.cap= "Parámetros en `{arguments}` y `{values}` para la generación de gráficos en la aplicación Yupana."}

knitr::include_graphics("files/graph-table.png")
```

```{r plot, fig.cap= "Figura basada en los `{arguments}` y `{values}` de la tabla anterior."}

knitr::include_graphics("files/graph-figure.png")
```

La apliación por defecto genera un gama de colores `{colors}` en una escala de grises. Los colores pueden ser modificados de forma manual por sus nombres en ingles o usando los valores `HEX`. En este caso se cambió la escala de grises por los colores verde (green) y rojo (red) (Figure \@ref(fig:tparam), \@ref(fig:plot)).

## Incluir nuevas capas `opt`

Yupana a partir de la versión 0.2.0 permite la inclusión de capas adicionales a los gráficos. Puedes incluir dicha información en `opt` de los `{arguments}` (Figure \@ref(fig:opt), \@ref(fig:topt)).

Puedes incluir diversas capas descritas para el paquete `ggplot2`.

```{r opt, fig.cap= "Gráfico con la inclusión de la capa `facet_grid()`"}

knitr::include_graphics("files/graph-figure.png")
```

```{r topt, fig.cap= "Inclusión de `facet_grid(tratamiento ~ .)` en `opt` de los `{arguments}` en Yupana."}

knitr::include_graphics("files/graph-table-grid.png")
```