### R code from vignette source 'crs.Rnw'

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### code chunk number 1: crs.Rnw:64-66
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library(crs)
options(prompt = "R> ", crs.messages = FALSE, digits = 3)


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### code chunk number 2: crs.Rnw:289-293
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degree <- 5
x <- seq(0,1,length=1000)
B <- gsl.bs(x,degree=degree,intercept=TRUE)
matplot(x,B,type="l")


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### code chunk number 3: crs.Rnw:295-298
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deriv <- 1
B <- gsl.bs(x,degree=degree,deriv=deriv,intercept=TRUE)
matplot(x,B,type="l")


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### code chunk number 4: crs.Rnw:502-510
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set.seed(42)
n <- 1000
x <- runif(n)
z <- rbinom(n,1,.5)
y <- cos(2*pi*x) + z + rnorm(n,sd=0.25)
z <- factor(z)
model <- crs(y~x+z)
summary(model)


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### code chunk number 5: crs.Rnw:527-529
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getOption("SweaveHooks")[["multifig"]]()
options(SweaveHooks = list(multifig = function() par(mfrow=c(2,2))))
plot(model,mean=TRUE)


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### code chunk number 6: crs.Rnw:540-550
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set.seed(1234)
n <- 1000
x1 <- runif(n)
x2 <- runif(n)
z <- ifelse(x1>.5,1,0)
dgp <- cos(2*pi*x1)+sin(2*pi*x2)+2*z
z <- factor(z)
y <- dgp + rnorm(n,sd=1)
model <- crs(y~x1+x2+z)
summary(model)


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### code chunk number 7: crs.Rnw:566-585
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## When kernel=FALSE, we could use the anova() function
## and set model.return=TRUE.
## Unrestricted model:
model <- crs(y~x1+x2+z,cv="none",
             degree=model$degree,
             segments=model$segments,
             basis=model$basis,
             kernel=FALSE,
             include=1,
             model.return=TRUE)
## Restricted model:
model.res <- crs(y~x1+x2+z,cv="none",
                 degree=model$degree,
                 segments=model$segments,
                 basis=model$basis,
                 kernel=FALSE,
                 include=0,
                 model.return=TRUE)
anova(model.res$model.lm,model$model.lm)


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### code chunk number 8: crs.Rnw:590-623
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num.eval <- 50
x1.seq.0 <- seq(min(x1[z==0]),max(x1[z==0]),length=num.eval)
x2.seq.0 <- seq(min(x2[z==0]),max(x2[z==0]),length=num.eval)
x.grid <- expand.grid(x1.seq.0,x2.seq.0)
newdata <- data.frame(x1=x.grid[,1],x2=x.grid[,2],z=factor(rep(0,num.eval**2),levels=c(0,1)))
z0 <- matrix(predict(model,newdata=newdata),num.eval,num.eval)

x1.seq.1 <- seq(min(x1[z==1]),max(x1[z==1]),length=num.eval)
x2.seq.1 <- seq(min(x2[z==1]),max(x2[z==1]),length=num.eval)
x.grid <- expand.grid(x1.seq.1,x2.seq.1)
newdata <- data.frame(x1=x.grid[,1],x2=x.grid[,2],z=factor(rep(1,num.eval),levels=c(0,1)))
z1 <- matrix(predict(model,newdata=newdata),num.eval,num.eval)
xlim <- c(0,1)
zlim=c(min(z0,z1),max(z0,z1))
theta <- 15
phi <- 10
persp(x=x1.seq.0,y=x2.seq.0,z=z0,
      xlab="x1",ylab="x2",zlab="y",
      xlim=xlim,
      ylim=xlim,      
      zlim=zlim,
      ticktype="detailed",      
      border="red",
      theta=theta,phi=phi)
par(new=TRUE)
persp(x=x1.seq.1,y=x2.seq.1,z=z1,
      xlab="x1",ylab="x2",zlab="y",
      xlim=xlim,
      ylim=xlim,      
      zlim=zlim,
      theta=theta,phi=phi,
      ticktype="detailed",
      border="blue")