Es importante recordar que hay dos tipos de configuración en un sistema Debian. La Configuración global (system-wide) afecta a todos los usuarios. La configuración global se realiza en el directorio /etc, de manera que normalmente deberá ser el usuario root para poder cambiar estas opciones. Puede configurar, por ejemplo, la forma en que se conecta el sistema a Internet, o hacer que los navegadores del sistema siempre empiecen en la página web principal de la compañía. Como usted desea que estos cambios afecten a todos los usuarios, deberá hacerlos en /etc. Algunos ejemplos de estos ficheros son /etc/X11/XF86Config, /etc/lynx.cfg, y /etc/ppp/options. En realidad, casi todos los ficheros de /etc son de configuración.
La configuración de un usuario sólo le afecta a uno en particular. Suelen utilizarse ficheros precedidos por un punto (dotfiles ) para la configuración de los usuarios. Por ejemplo, el fichero ~/.newsrc almacena la lista de artículos de USENET (grupos de noticias) que ha leído, y a qué grupos está suscrito. Esto permite a lectores de noticias como trn o Gnus mostrar los artículos que no haya leído en los grupos en los que esté interesado. Es evidente que esta información será diferente para cada usuario del sistema, y por ello cada uno tendrá su propio .newsrc en su directorio personal.