Cuando escribe ls, los ficheros cuyo nombre empieza por punto no aparecen en la lista. Tradicionalmente, los ficheros que contienen información de configuración, preferencias del usuario, etc., comienzan con un punto; por tanto quedan ocultos mientras usted hace su trabajo diario. Ejemplos de estos ficheros son: ~/.emacs, ~/.newsrc, ~/.bashrc,~/.xsession, y ~/.fvwmrc. Los utilizan Emacs, el lector de noticias (news), el intérprete Bash, el sistema de ventanas X y el gestor de ventanas fvwm, respectivamente. También hay directorios cuyo nombre comienza por punto, tales como ~/.gimp y ~/.netscape, que almacenan información sobre las preferencias del usuario para los programas Gimp y Netscape.
Algunos programas crean ficheros con punto de forma automática; por ejemplo, Netscape (N. de los T: o Mozilla) le permiten editar sus preferencias en una caja de diálogo gráfica, y después almacena sus decisiones. Otras veces, los creará usted mismo utilizando un editor de texto; esta es la manera tradicional de hacerlo, pero deberá aprender el formato peculiar de cada fichero (un inconveniente al principio, pero que le proporcionará un gran dominio).
Para poder ver estos ficheros, deberá especificar a ls la opción -a. La forma extendida de -a es -all (todo), por si lo encontrase más sencillo de recordar. También puede escribir -A o -almost-all (casi todo), que muestra todos los ficheros con punto, excepto . y ... Recuerde que . es el directorio actual, y que .. es su antecesor. Ya que su presencia está garantizada en cada directorio, no hay razón para que aparezcan en los listados de ls. Usted ya sabe que están allí.